Ugandas tropiska värme dämpas av dess höga höjd, och i stora delar av landet ligger dygnets högsta temperatur mellan 20°C och 27°C, medan dygnets lägsta temperatur ligger mellan 12°C och 18°C. Ugandas högsta temperaturer finner man på slätterna öster om Lake Albert, där till exempel Murchinson Falls National Park ligger.

Vad som skiljer Uganda från andra välkända safaridestinationer i Afrika är främst dess relativt stora andel skog. I Uganda finns därför ett stort antal djurarter som inte finns på andra platser i östra eller södra Afrika, och skogsområdena här är dessutom mer lättillgängliga än till exempel i Västafrika, vilket gör Uganda oslagbart för den som vill se Afrikas skogslevande djur i deras naturliga miljö.

Lake Bunyonyi

På 2000 meters höjd över havet ligger Lake Bunyonyi, en sjö som tros ha bildats för 8000 år sedan då lava från ett vulkanutbrott blockerade en flod och orsakade översvämning i dalgångarna uppströms. Uppgifterna om sjöns djup varierar kraftigt, men de flesta trovärdiga källor föreslår att den är 40-45 meter djup på djupaste stället. I Lake Bunyonyi finns 29 små öar, några täckta av skog, andra uppodlade. De branta sluttningarna runt sjön är till stor del täckta av terrassodlingar.

Namnet Bunyonyi betyder ungefär ”de små fåglarnas plats”, vilket möjligen syftar på talrika vävarkolonierna längs stranden. Större fåglar finns också representerade, bland annat flera sorters häger och Ugandas nationalfågel, grå krontrana. Dessutom är Lake Bunyonyi förmodligen den bästa platsen i Afrika för att se utter, speciellt fläckhalsutter.

Bwindi Impenetrable National Park

Bwindi Impenetrable National Park ligger i sydvästra Uganda och omfattar 331 km2 regnskog som breder ut sig över en serie branta bergsryggar och djupa dalar. Bwindi anses vara en av de mest artrika skogarna i hela Afrika, till stor del tack vare dess ålder (den är över 25 000 år gammal) och dess enorma variation i altitud (mellan 1160 och 2607 meter över havet). Vegetationen är tät, därav namnet impenetrable som betyder ogenomtränglig. Skogen är ett viktigt uppsamlingsområde för regnvatten. Här börjar fem stora floder som tillsammans står för 80% av ytvattenavrinningen från skogen och vidare ut i Lake Edward. Andra floder rinner ut i Lake Mutanda, Lake Bunyonyi och Kigeyo Swamp. Bevarandet av skogen är därför mycket viktigt för vattenbalansen i hela landet.

Turismen i Bwindi fokuseras till allra största delen på bergsgorillorna. Ungefär hälften av världens bergsgorillor lever här. Dessutom finns tio andra arter av primater, till exempel schimpans, svartmössmarkatta, rödsvansmarkatta, blå markatta, svartvit guereza och olivbabian. I Bwindi finns totalt 120 däggdjur, 350 fågelarter och 200 fjärilsarter.

Queen Elizabeth National Park

Queen Elizabeth National Park är Ugandas populäraste och mest lättillgängliga nationalpark. Den ligger i sydväst och dess 1978 km2 består till största delen av savann, men också en del skog och våtmark. Dessutom innefattar parken hela den ugandiska delen av stranden vid Lake Edward, de norra och västra stränderna vid Lake George samt Kazinga-kanalen som förbinder dessa båda sjöar med varandra.

Mer än 600 fågelarter har setts i parken, vilket förmodligen är det högsta antalet för någon nationalpark i Afrika. Det finns närmare hundra däggdjursarter, däribland primater såsom schimpans, grön markatta, blå markatta, rödsvansmarkatta, svartmössmarkatta, svartvit guereza och olivbabian, samt rovdjur såsom strimmig schakal, fläckig hyena, leopard och lejon. De vanligaste antiloperna är ugandakob, buskbock, topi och defassavattenbock. Kazinga-kanalen sägs vara världens flodhästtätaste område och det finns också gott om krokodiler.

The Kasenda Crater Lakes

Området öster om Rwenzoribergen i västra Uganda är känt för sina många kratersjöar. De bildades för 10 000 år sedan av de vulkaniska krafter som formade landskapet. Sjöarna brukar delas in i fyra områden, varav Kasendaområdet med sina 60 kratersjöar är det största. Sjöarna i området är alla olika men de flesta ligger mycket vackert omgivna av frodig vegetation där det finns gott om fåglar och andra djur. En av de största är Lake Nyinambuga, en brackvattenssjö omgiven av branta klippor. Där alldeles på kraterkanten ligger Ndali Lodge, varifrån man har en fantastisk utsikt över flera kratersjöar och Rwenzoribergens sluttningar.

Kibale Forest National Park

Den 766 km2 stora nationalparken sträcker sig söderut från Fort Portal och bildar ett sammanhängande område tillsammans med Queen Elizabeth National Park. Kibale Forest ligger mellan 1100 och 1590 meter över havet och den dominerande vegetationstypen är regnskog, här och där blandat med gräsområden och våtmarker.

Tack vare dess läge mellan den fuktiga regnskogen i Kongo och den torrare Östafrikanska skogen, hyser Kibale Forest ett ovanligt brett utbud av djur och växter från båda dessa områden. Här finns en av världens högsta koncentration av apor, bland annat schimpans och en sällsynt underart av röd guereza. Ugandas största population av skogslevande elefant lever här, tillsammans med buffel, andra stora däggdjur och mer än en tredjedel av Ugandas fågelarter.